Arrêt maladie, maternité, accident du travail : les indemnités journalières sont-elles imposables ?

Indemnités journalières imposables ou non : la règle pour chaque arrêt

Les indemnités journalières versées par la sécurité sociale ou la Mutualité sociale agricole sont imposées comme des salaires, avec deux exceptions : la moitié de celles d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle, et celles d'une affection comportant un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse (CGI, art. 80 quinquies, en vigueur depuis le 1er janvier 2010 ; art. 81, 8°).

Sources : brochure 2026, p. 92 ; notice 2042, p. 7 et 8 ; service-public.fr. Seule l'affection de longue durée dite exonérante compte : l'une des maladies de la liste de l'article D. 160-4 du code de la sécurité sociale, ou une affection grave reconnue par le service médical de l'Assurance maladie, qui exigent un traitement prolongé et coûteux (BOFiP, BOI-RSA-CHAMP-20-30-20, § 180 ; ameli.fr). Un long arrêt pour une autre maladie reste imposable.

Pour un fonctionnaire, le traitement versé pendant un congé de maladie ou de maternité, à la place d'indemnités journalières, reste imposable en entier (brochure 2026, p. 92). L'année retenue est celle du paiement, pas celle de l'arrêt : des indemnités de décembre 2025 payées en janvier 2026 rejoignent les revenus de 2026 (BOFiP, § 90).

Arrêt maladie et déclaration : vérifier la case 1AJ

Votre employeur déclare le salaire qu'il vous a payé, la caisse d'assurance maladie les indemnités imposables qu'elle vous a versées : les deux s'additionnent dans le montant prérempli au-dessus de la case 1AJ, ou 1BJ pour le second déclarant (brochure 2026, p. 85). Pour un accident du travail, ce montant ne retient déjà que la moitié des indemnités (notice 2042, p. 7). Si l'employeur perçoit les indemnités à votre place (subrogation), il ne déclare que ce qui reste à sa charge : rien n'est compté deux fois (BOFiP, § 100 et 210). Votre compte ameli indique le montant imposable de vos indemnités, le taux appliqué et l'impôt retenu (ameli.fr).

L'administration retire ensuite 10 % du total des salaires et indemnités, au moins 509 € et au plus 14 555 € par personne sur les revenus de 2025, sauf si vous déclarez vos frais réels (BOFiP, § 200 ; brochure 2026, p. 107).

• Indemnités d'affection de longue durée exonérante comptées par erreur, ou chiffre différent de vos relevés : inscrivez le montant imposable exact dans la case 1AJ, sans les indemnités exonérées, et gardez les décomptes de la caisse (brochure 2026, p. 85).
• Déclaration déjà signée : la correction en ligne des revenus de 2025 reste ouverte jusqu'au 30 novembre 2026 ; ensuite, une réclamation prend le relais (service-public.fr). Le mode d'emploi : corriger sa déclaration.

Prélèvement à la source sur les indemnités journalières

La caisse d'assurance maladie retient l'impôt sur les indemnités qu'elle vous verse, au taux que lui transmet l'administration fiscale (ameli.fr).

En cas de subrogation, votre employeur ignore si l'arrêt relève d'une affection de longue durée : il ne retient l'impôt sur les indemnités de maladie que pour les 60 premiers jours de l'arrêt, comptés de date à date, prolongations sans reprise comprises. Le salaire maintenu reste prélevé en entier ; les indemnités de maternité ou de paternité le sont en totalité, celles d'un accident du travail pour moitié (BOFiP, BOI-IR-PAS-20-10-10, § 80 à 100).

Trop ou pas assez retenu : l'écart se règle après votre déclaration, par un remboursement l'été ou un solde prélevé à partir de septembre (service-public.fr). Un arrêt qui fait nettement baisser vos revenus de l'année peut aussi justifier une modulation de votre taux : voir le prélèvement à la source.

CSG et CRDS sur les indemnités : ce qui se déduit

Les indemnités journalières supportent 6,2 % de CSG et 0,5 % de CRDS, calculées sur leur montant brut (service-public.fr ; code de la sécurité sociale, art. L. 136-8). Pour l'impôt, 3,8 points de cette CSG se déduisent ; les 2,4 points restants et la CRDS restent dans votre revenu imposable (CGI, art. 154 quinquies). Sur une indemnité exonérée d'impôt, celle d'une affection de longue durée ou la moitié exonérée d'une indemnité d'accident du travail, aucune CSG ne se déduit (BOFiP, BOI-RSA-BASE-30-30, § 90).

Indépendants, invalidité, projet de loi : les autres cas

• Micro-entrepreneur, micro-BNC : les indemnités de maladie ou de maternité ne s'ajoutent pas aux recettes déclarées ; le bénéfice forfaitaire ne change pas (brochure 2026, p. 177 ; BOFiP, BOI-BIC-PDSTK-10-30-20, § 250 et 260).
• Régime réel : elles entrent dans le bénéfice imposable (BOFiP, BOI-BNC-CHAMP-10-10-20-30, § 200), sauf celles d'une affection de longue durée exonérante, écartées pour les exercices ouverts depuis le 1er janvier 2017 (CGI, art. 154 bis A). Voir profession libérale et BNC et micro-entrepreneur.
• Invalidité : la pension d'invalidité qui prend le relais des indemnités est imposable comme une pension, case 1AZ (brochure 2026, p. 115) ; la rente d'un accident du travail est exonérée (CGI, art. 81, 8°). Le détail : revenus imposables ou non.
• Au chômage : pendant l'arrêt, les indemnités journalières remplacent l'allocation (ameli.fr) et s'imposent de la même façon : voir chômage et impôt.

Le projet de loi de finances pour 2027 prévoyait d'imposer pour moitié les indemnités d'une affection de longue durée, en entier celles d'un accident du travail, et de relever la CSG des indemnités de maladie et d'accident du travail (projet de loi, p. 33 et 36). L'Assemblée nationale a supprimé ces dispositions en séance (texte provisoire du 20 octobre 2026, p. 3 et 7). Rien n'est voté : suivez son avancée.

Deux exemples au barème 2026 : arrêt maladie et congé de maternité

1. Case 1AJ préremplie : 21 600 + 4 300 = 25 900 €. Déduction de 10 % : 2 590 €. Revenu net imposable : 23 310 €.
2. Barème, une part : 23 310 × 11 % − 1 276 = 1 288 €. Décote : 897 − 45,25 % × 1 288 = 314 € après arrondi. Impôt : 974 €, contre 1 391 € sans arrêt, avec 28 800 € de salaires.
3. Si l'arrêt relevait d'une affection de longue durée exonérante : 21 600 € seulement en case 1AJ, 19 440 € imposables, 355 € d'impôt. Laisser ces 4 300 € dans le montant prérempli coûterait 619 €.

1. Cases 1AJ et 1BJ : 29 000 € et 34 000 €, moins 10 % chacun : 26 100 + 30 600 = 56 700 € de revenu net imposable.
2. L'enfant né en 2025 compte pour toute l'année : 2,5 parts au lieu de 2 (brochure 2026, p. 75).
3. Barème : 56 700 × 11 % − 1 276 × 2,5 = 3 047 € ; la demi-part rapporte 638 €, sous son plafond de 1 807 €. Décote du couple : 1 483 − 45,25 % × 3 047 = 104 €. Impôt : 2 943 €, contre 3 685 € sans la naissance.

Les 9 000 € de maternité pèsent 1 294 € dans cet impôt, décote comprise : sans eux, le foyer paierait 1 649 € (brochure 2026, p. 370 et 371 ; quotient familial). Pour vos propres chiffres, l'assistant fiscal IA lit votre avis d'impôt et calcule l'impôt au barème 2026.